琼中县人民检察院于1956年4月10日在乘坡建院， 1967年3月，实行军事管制，“公、检、法”并为一体，检察院无法正常履行法律监督职能。翌年，县革委会保卫组取代“公、检、法”。

1978年11月，琼中县人民检察院恢复重建。1986年10月，升格为副处级单位，1987年12月28日，改称琼中黎族苗族自治县人民检察院。

2017年，根据国家监察体制改革工作部署要求，积极配合改革试点工作，11月，琼中黎族苗族自治县人民检察院正式将反贪污贿赂局、反渎职侵权局的8名检察干警转隶到县监察委。2019年，根据检察机关内设机构改革要求，5月31日，琼中黎族苗族自治县人民检察院召开内设机构人员定岗工作会议，此次会议的召开标志着琼中黎族苗族自治县人民检察院内设机构改革人员定岗工作顺利完成，内设机构调整变更为五部两室，分别是：综合管理部、第一检察部（未成年人检察部）、第二检察部（驻县看守所检察室）、第三检察部、第四检察部（司法警察大队）、湾岭检察室、长征检察室。现有政法编制39人，实有干警35人；其中，党员22人，占62.86 %；初中学历1人，占2.63%；大专学历1人，占2.63%；本科学历31人，81.57%；研究生以上学历5人，占13.15 %。全院干警平均年龄38岁。

本届党组现有4名成员，分别是：党组书记庄二华同志，党组成员、副检察长吴春宏同志，党组成员、副检察长陈应雄同志，党组成员朱玉兰同志。