1993年11月24日，为推进检察机关服务洋浦开发区建设，海南省人民检察院以琼检发办字【1993】24号文，向最高人民检院报送了关于在洋浦经济开发区设置两级检察院的报告，之后于1994年1月13日又以琼检发办字【1994】12号文对申请内容进行了补充。当时，洋浦法院也在筹建之中，最高人民法院任建新院长、海南省委阮崇武书记和省人大杜青林主任对洋浦经济开发区人民法院的机构设置均作出了批示，同意洋浦法院的设立。根据省委、省人大及最高法院主要领导同志的指示精神，洋浦经济开发区人民法院为副厅级，内部机构按“一院两庭”的模式设置，即设初审庭和上诉庭。法院与检察院关系是对应关系，出于此考虑，海南省人民检察院在两份报告中提出要在洋浦开发区新设检察院，检察院的名称为洋浦经济开发区人民检察院（级别与海南省人民检察院海南分院同级别），内部设五个处级单位，人员编制初步暂定40人，地域管辖同洋浦管理局行使行政管理权的地域相一致，依法开展刑事检察、经济检察、法纪检察、监所检察、控告申诉检察和检察技术等业务活动，依法履行对区域内所有刑事、民事、经济、行政案件的法律监督职责，与公安、法院一起各司其职，相互配合，相互制约，体现法制统一和主权原则，干部职级、管理办法和任免程序参照海南省人民检察院海南分院的现行干部职级管理办法和任免程序进行。最高人民检察院接到海南省人民检察院于1994年4月14日以高检发政字【1994】21号文明确规定，设立“海南省洋浦经济开发区检察院”，作为海南省人民检察院的派出机构，行使省人民检察院分院的职权。 1994年2月，省人民检察院向海南省机构编制委员会以琼检发政字【1994】5号《关于设立洋浦经济开发区人民检察院的报告》申请新设洋浦检察院的人员编制。海南省机构编制委员会经过研究，于3月28日批复同意设立“海南省洋浦经济开发区检察院”，行使省人民检察院分院的职责，为副厅级机构，其设机构为办公室、廉政监督局、审判监督一处（挂洋浦经济开发区初级检察院牌子）、审判监督二处、侦查监督处等，核定人员统制25名，人员经费和办公经费从洋浦经济开发区管理局财政包干经费中解决。人员编制和经费问题的解决，标志着洋浦开发区检察院具备了成立所需的全部条件。 1994年8月26日，在社会各界的关注下，洋浦经济开发区检察院和洋浦经济开发区初级检察院正式揭牌，标志着洋浦开发区司法机构进一步健全，开发区各项工作逐步完善。机构设置一直保持至2008年。 2008年以前，海南省地市级检察院有海南省人民检察院海南分院、海口市人民检察院、三亚市人民检察院和洋浦开发区检察院。其中，海南分院下设16 个基层检察院，辖区人口629万多，海口检察院下辖3个基层检察院，管辖人口70多万，三亚检察院下设1个基层检察院，管辖人口30多万，洋浦检察院下设1个基层检察院，管辖人口4万。随着海南省经济社会的发展，为适应“省直管市县”体制要求，深化司法体制改革，整合、优化配置司法资源，方便群众诉讼，海南省人民检察院对检察机关结构进行了调整，洋浦开发区检察院迎来一次体制上的重大变革。根据最高人民检察院《关于同意海南检察分院和洋浦经济开发区检察分院更名及调整管辖区域的批复》【2008】30号文件精神，海南省人民检察院海南分院更名为海南省人民检察院第一分院，管辖10个县市；洋浦经济开发区检察院更名为海南省人民检察院第二分院，搬迁至儋州市履行检察职责，管辖省西部6个县市，在洋浦经济开发区内新设立海南洋浦经济开发区人民检察院，行使检察权，为正处级基层人民检察院。