陵水黎族自治县人民检察院重建于1979年，办公楼位于陵水县椰林镇椰林南干道。2015年6月司法改革前，我院共有16个内设机构（均为副科级），分别是：办公室、政工科、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、公诉科、侦查监督科、控告申诉检察科、监所检察科、民事行政检察科、职务犯罪预防科、案件管理中心、未成年人刑事检察科、纪检监察室、法律政策研究室、新村检察室、本号检察室。

　　2015年6月，按照海南省人民检察院改革试点方案的部署，我院对内设机构进行了大部制改革试点，将16个内设机构整合为“五局一部”及两个乡镇检察室：反贪污贿赂局（将反贪、反渎、预防、举报中心职能整合）；刑事检察局（将公诉、未检职能整合）；诉讼监督局（将侦监、刑检、民行、申诉职能整合）；案件管理局（将案管、控告、法律政策研究室、检察委员会办公室、司法警察职能整合）；检务管理局（将办公室、计财、新闻宣传、检察技术职能整合）；政治监察部（将政工、纪检监察职能整合）；新村检察室；本号检察室。

　　2016年12月，根据《海南省基层人民检察院内设机构设置方案》文件要求，我院再重新将除新村、本号两个乡镇检察室外的内设机构整合为“六局一部”：反贪污贿赂局（将反贪、反渎、预防职能整合）、公诉局（将公诉、未检职能整合）、侦查监督局、诉讼监督局（将刑事执行、控告、举报中心、刑事申诉、民事行政职能整合）、检察业务管理局（将案管、法律政策研究室职能整合）、检察事务保障局（将办公室、计财、新闻宣传、检察技术职能整合）、政治监察部（将政工、纪检监察、司法警察职能整合）。整合后的部门，部门负责人均由员额内检察官担任。

　　2019年6月，根据中共海南省委机构编制委员会办公室《关于印发〈陵水黎族自治县人民检察院职能配置、内设机构和人员编制规定〉的通知》（琼编办〔2019〕58号）文件要求，我院再次将除新村、本号两个乡镇检察室外的内设机构整合为“五部”：综合管理部（将政工、办公室职能整合）、第一检察部（将公诉、侦监、未检职能整合，未成年人检察部合署办公）、第二检察部（驻县看守所检察室，职能与原监所检察科相同）、第三检察部（职能与原民事行政检察科相同）、第四检察部（陵水黎族自治县人民检察院检察服务中心，将案管、控申、法律政策研究室、纪检监察职能整合，司法警察大队合署办公）。整合后的部门，部门负责人均由员额内检察官担任。