2015年进行司法体制改革前，东方市人民检察院设置了办公室、政工科、纪检监察科、行政装备管理科、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、侦查监督科、公诉检察科、控告申诉检察科、刑事执行检察科、民事行政检察科、职务犯罪预防科、案件管理科、未成年人刑事检察科、司法警察大队等15个内设机构及派驻感城检察室、派驻东河检察室、派驻三家检察室等3个派出机构，共有政法专项编制72名、工勤编制4名。2015年1月，根据省编制委员会文件，东方市人民检察院1名工勤编制被收回。

　　2015年6月，根据省委和省检察院关于深化司法体制改革的部署要求，东方市人民检察院对内设机构进行整合，将除3个派驻乡镇检察室以外的15个内设机构整合为五局一部：即反贪污贿赂局、刑事检察局、民事行政检察局、案件管理局、检务管理局和政治监察部。

　　2016年12月，根据《海南省基层人民检察院内设机构设置方案》要求，东方市人民检察院对内设机构设置进行进一步完善，将除派驻乡镇检察室以外的五局一部改为六局一部：即反贪污贿赂局、侦查监督局、公诉局、诉讼监督局、检察业务管理局、检察事务保障局和政治监察部。

　　2017年12月，根据国家监察体制改革要求，东方市人民检察院反贪污贿赂局、反渎职侵权局、职务犯罪预防科等3个内设机构被撤销。除3个派驻乡镇检察室以外，设置五局一部：侦查监督局、公诉局、诉讼监督局、检察业务管理局、检察事务保障局和政治监察部。

　　2018年1月，17名编制转隶划拨到东方市监察委员会，转隶15人。转隶后共有政法专项编制58名、工勤编制3名。

　　2019年3月，根据中央《关于支持海南全面深化改革开放的指导意见》和最高检《关于推进省以下人民检察院内设机构改革工作的通知》文件精神，省编制委员会核定东方市人民检察院政法专项编制57名，工勤编制保持不变，退休一个减少一个编制。现设置办公室、政治部、第一检察部至第六检察部等8个内设机构及派驻感城检察室、派驻东河检察室、派驻四更海洋检察室等3个派出机构。

　　办公室

　　职能：负责机要收发、行政事务、财务后勤、技术保障等工作。

　　联系电话：0898-25522829

　　政治部

　　职能：负责政工党务、离退休干部服务管理、干部培训、宣传教育等工作。

　　联系电话：0898-25513223

　　第一检察部

　　职能：负责危害国家安全、危害公共安全、侵害公民人身权利、民主权利、侵犯财产权利、妨害社会管理秩序、危害国防利益等六类犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。办理相关刑事申诉案件。

　　联系电话：0898-25513236

　　第二检察部

　　职能：负责办理破坏社会主义市场经济秩序犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。负责监察委移送的职务犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关审判监督以及相关案件的补充侦查。办理相关刑事申诉案件。

　　联系电话：0898-25518508

　　第三检察部（驻市看守所检察室）

　　职能：负责对看守所、社区矫正机构等执法活动的监督，对刑事判决、裁定执行、强制医疗执行、羁押和办案期限的监督，羁押必要性审查。

　　联系电话：0898-25501936

　　第四检察部

　　职能：负责对法院民事、行政诉讼活动的法律监督，对审判监督程序以外的其他民事、行政审判程序中审判人员的违法行为提出检察建议，对民事、行政执行活动实行法律监督，开展民事支持起诉工作。办理民事、行政申诉案件。

　　联系电话：0898-25585902

　　公益诉讼检察部

　　职能：与第四检察部合署办公，负责办理公益诉讼及相关申诉案件。

　　联系电话：0898-25513232

　　第五检察部

　　职能：负责办理未成年人犯罪和侵害未成年人犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。开展未成年人司法保护和预防未成年人犯罪工作。

　　联系电话：0898-25513678

　　第六检察部（东方市人民检察院检察服务中心）

　　职能：负责案件管理、法律政策研究、检务督察和人民监督工作等综合业务工作。负责受理控告和申诉，承办国家赔偿案件和国家司法救助案件。

　　联系电话：0898-25584790

　　司法警察大队

　　职能：与第六检察部合署办公，负责办案场所警戒、人员押解和看管等警务事项。

　　联系电话：0898-25584790

　　派驻乡镇检察室（感城、东河、四更）

　　职能：负责受理公民、法人和其他组织的举报、控告、申诉，接受犯罪嫌疑人自首。畅通群众诉求渠道，排查化解矛盾纠纷。开展调查研究，对辖区影响社会和谐稳定的源头性、根本性、基础性问题，提出对策建议，参与基层社会管理创新。发现、收集职务犯罪线索和其他涉检信息。经检察长批准对职务犯罪线索进行初查。对基层公安派出机构、人民法庭、司法所等执法单位的执法活动开展法律监督。开展职务犯罪预防工作和法制宣传教育。协助派出院开展民事督促起诉等工作。完成检察长交办的其他工作。

　　联系电话：派驻感城检察室 0898-25513658

　　                派驻东河检察室 0898-25506163