一分院建院于1954年4月15日，前身为广东省人民检察署海南分署。1954年9月，广东省人民检察署海南分署更名为广东省人民检察院海南分院。1988年海南建省，同年9月海南省人民检察院成立，由海南省院派出琼北分院和琼南分院，原广东省人民检察院海南分院变更为海南省人民检察院琼北分院。1991年琼南分院并入琼北分院，成立海南省人民检察院海南分院。2008年全省检察机构改革，设立海南省人民检察院第二分院，原海南分院更名为现在的第一分院。

一分院是海南省人民检察院的派出机构，根据海南省省直管市县管理体制设立，接受海南省人民检察院领导。其主要职能是在管辖区域（文昌市、琼海市、万宁市、五指山市、定安县、屯昌县、澄迈县、陵水黎族自治县、保亭黎族苗族自治县、琼中黎族苗族自治县）依法独立行使检察权，依法行使法律监督职责。