根据海南省委编委办《海口市琼山区人民检察院职能配置、内设机构和人员编制规定》，琼山区检察院共有9个内设机构，分别为2个综合机构（办公室、政治部）、6个业务机构（第一至第六检察部），以及云龙检察室。

　　办公室 负责有文件起草，编发信息简报，处理机要文电。负责档案管理、保密工作、财务后勤、计财装备、技术保障、新闻宣传等工作。协助院领导处理检察政务，组织协调重要工作部署、决策的贯彻实施。

　　政治部 负责思想政治工作、意识形态工作和组织人事工作。负责退休干部服务管理工作。协调本院工会、共青团、妇女等群众组织开展工作。

　　第一检察部 负责危害国家安全、危害公共安全、侵害公民人身权利、民主权利、侵犯财产权利、妨害社会管理秩序、危害国防利益等六类犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。办理相关刑事申诉案件。

　　未成年人检察部。与第一检察部合署办公，负责未成年人检察工作。

　　第二检察部 负责办理破坏社会主义市场经济秩序犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。负责监察委员会移送的职务犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关审判监督以及相关案件的补充侦查。办理相关刑事申诉案件。

　　第三检察部 负责对社区矫正机构等执法活动的监督，对刑事判决、裁定执行、强制医疗执行、羁押和办案期限的监督，羁押必要性审查。

　　第四检察部 负责对法院民事、行政诉讼活动的法律监督，对审判监督程序以外的其他民事、行政审判程序中审判人员的违法行为提出检察建议，对民事、行政执行活动实行法律监督，开展民事支持起诉工作。负责办理公益诉讼案件。办理民事、行政和公益诉讼申诉案件。

　　第五检察部 负责对海口市辖区由基层检察院管辖的涉外刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。办理涉外刑事申诉案件。

　　第六检察部（海口市琼山区人民检察院检察服务中心） 负责案件管理、法律政策研究、检务督察和人民监督工作等综合业务工作。负责受理控告和申诉，承办国家赔偿案件和国家司法救助案件。

　　司法警察大队 与第六检察部合署办公，负责办案场所警戒、人员押解和看管等警务事项。

　　云龙检察室 负责受理来信来访；畅通群众诉求渠道，排查化解矛盾纠纷；开展调查研究，参与基层社会管理创新；服务本地乡村振兴战略，开展上级机关部署的专项工作和法制宣传教育；协助开展公益诉讼、民事督促起诉等工作；完成其他院领导交办的工作。